Когда первый храм был разрушен, ковчег пропал. Возможно, он был вывезен вместе с остальной добычей вавилонянами. После возвращения из Вавилонского пленения, евреи отстроили в Иерусалиме второй храм. Во втором храме, как и в первом, была святая святых, но она была оставлена без какого-либо центрального сакрального объекта.
У меня есть подозрение, что во втором храме, святая святых была построена, но оставлена без своего главного артефакта намеренно, потому что священнослужители надеялись на возвращение ковчега завета. Возможно, они надеялись на то, что судьба ковчега разрешится сама, как в истории описанной в танахе: филистимляне однажды захватили ковчег завета, но вынуждены были его вернуть евреям после мора насланного на них Ягве. Однако, когда ожидание затянулось помещать что-то новое в святая святых показалось уже слишком поздно, и святая святых осталась пуста, с объяснением, что в ней Ягве находится, в каком-то смысле.
В каком то смысле, подобная ситуация сложилась в последствии у христиан, которые изначально ждали скорого второго пришествия, но не дождались.