Мне кажется, эти противоречия можно объяснить если предположить что изначально ковчегов существовало много. В The Egyptian Origin of the Ark of the Covenant предполагается, что ковчег завета произошел от Египетских сакральных корабликов, в которых носили богов и мумии. Разные иудейские племена и кланы могли использовать разные ковчеги для разных ритуальных целей, и в процессе монополизации культа Яхве в Иерусалиме, истории описывающие различные ковчеги, были объединены в одну историю. Очень подробное описание устройства ковчега в торе, по моему мнению, имело целью сделать все остальные, конкурирующие, ковчеги, которые не соответствовали описанию, "неправильными".
UPD
parvuss заметил, что по факту накзание для евреев могло быть гораздо сильнее чем для неевреев в силу именно того , что первые евреи (и заключили договор с Яхве).UPDD
parvuss заметил, что в торе упоминается изготовление двух ящиков - один простой деревянный сделал Моисей и другой, покрытый золотом и с золотой крышкой - Бецалель. Правда, есть шанс, что Бецалель просто переделал первый ящик, покрыв его золотом и снабдив крышкой.