У меня возникла мысль, что ответ заключается в потере части текста из книги царств. В современном Танахе, события описываются следующим образом: Когда фараон Шишак осадил Иерусалим, царь Ровоам откупился от Шишака всеми ценностями, находящимися в храме и в царском дворце. Через 300 лет, царя Иосия снова заносит ковчег в храм. Когда фараон Нехо пошел на помощь ассирийцам через Иудею, он был встречен Иосией с войсками около Мегиддо. Иудейские войска были разгромлены, Иосия был ранен, и скончался уже в Иерусалиме. Бессмысленность битвы была очевидна, но что же подвигло Иосию на нее? На обратном пути из Сирии, Нехо свергает сына Иосии, который был коронован как наследник, и сажает на трон другого сына Иосии.
Возможно, изначальный текст утверждал, что Шишак в Египет вывез вместе с другими ценностями храма и ковчег, но Нехо вернул его Иосии по дороге в Ассирию. Иосия был убит в Иерусалиме результате переворота про-вавилонским сыном. На обратном пути, Нехо свергает узурпатора и сажает на трон другого, про-египетского, сына. Более поздние редакторы убрали упоминовение о перевороте и добавили битву около Мегиддо как причину смерти Иосии.
UPD
galka_psisa предположила, что авторы имели ввиду, что так как Иосия реконструировал храм, то ковчег на время восстановительных работ был вынесен из храма, т.к. святая святых, где он находился, видимо тоже нуждалось в ремонте. По окончании ремонта, ковчег был занесен обратно в храм.